这次带她同到南京，曾国藩为他们送了生活费用开支，又为她添置了时髦的新装，把她打扮得更加入时、更加娇美。并带她游鉴南京的名胜古迹，花到南京后又写了不少新诗。他们玩得很开心，喜效于飞之乐。
曾国藩陪他们游览，让他们自由活动，估计也玩得够尽兴了，开始书归正传，要王开始修志的有关事宜。
既然要写志，志即是史。当然除查阅有关档案之外，还得深入调查研究。王闿运也是这样做的，白天翻查清廷档案及曾本人的记述；晚上则青衣微服，步到南京街头，但见家家店门都早已打烊，纵有几家茶社酒馆也是坐都廖廖。
他心想“秦淮自古繁华，六朝金粉之地，为何定乱之后却是这样萧条？
再一深入民间采访，始知曾国藩之弟曾国荃破城之后，纵兵大肆抢掠民财、强奸妇女，任意枉杀无辜。再翻阅曾国藩审问忠王李秀成的档案，据李之亲笔书写的材料与曾上奏朝廷的表章，全不一致。李的记述中写了曾部湘军多次惨败的实情，而曾国藩的记述中却轻描淡写，甚至曾本人在九江惨败被迫投水自尽，被清兵及时救起一事根本不提。
王闿运在掌握了大量事实材料之后，按事实求是的原则，写出了提纲，请曾过目。当曾看到有些地方是在为他抹黑之时，不由说道：“先生，有道‘为贤者讳’，就请阁下把这几处不写上吧！”
“既要我写志，必须秉笔直书，何讳之有？”
“先生，你已文名久播。这在衡阳青楼寻芳，纳妓比翼双飞，如若阁下写一自传，难道也竟写上史册不成？如写的话，岂不有损令誉？”
这时，王闿运才大梦初醒，原来他与花燕芳之事，乃是他使的诡计。这下可中了他的圈套，他情知上当了，于是也回说：“这是我一生之羞，当然写上。历史是不容虚构的，现我立即命她回湘，与她从此断绝往来！你若要我写《湘军志》，这些铁的史实，我非写不可！”
“这……望先生权衡利害，如先生不忍有损湘军形象，本人愿以万金相谢！”
王闿运乃是个有骨气的人，不由淡然一笑：“大人，此事容我三思……”
当晚，他回到旅寓，心情沉重。花燕芳见他表情与往常大异，心知必有大事，花并未当即问他，安排他洗浴之后，她撒娇地要他为之讲解易经。
此外，她写了一首新词，要他为之斧正。他淡淡地瞄了一眼，苦笑着说：“大有长进了，唉！可惜！……”他叹了一声长气，眼圈显得有些湿润。
花燕芳是个乖巧的女子，心知他心中所藏之事，非比一般。于是为他泡了一杯浓茶，渐而，挨着他的身旁坐下，娇声婉转地问他有何心事？……”
半夜了，燕芳催他入睡，这是他们露水姻缘的最后一晚了，王不得不为之痛心、为之珍惜。往常，这等时候，他们早赴阳台之梦了。可是，他丝毫没有睡意，燕芳再三问他，到底有何心事，要他以实相告。
无奈，他把这事的详细始末向花说明，花一听嚎陶痛哭起来。王慌了手脚，问她为何这样伤心。接着，她向他也讲述了卢如何收买和威胁于她，要她以色相拉王下水。并说，这是曾国藩大人的密计，她说：“我不知道他们到底是何用意，只是我崇拜先生，想不到我真的爱上了先生。我愿终身侍奉先生，哪怕是做个使婢也心甘情愿……”越说，她越呜咽痛泣起来……”
说着她哭得不堪收拾，王闿运也为之伤心落泪。他对燕芳说：“燕芳，我的性格造成了我人生的悲剧。我不愿出卖自己的灵魂，金钱也遮不煞我的眼睛。我是个天生的穷书生，曾国藩万两黄金收买于我，本来我拿了他这万两黄金，只需笔下为他省去几笔污点，这对于我无损，我拿了这万黄金两，可以带了你一辈子悠哉悠哉地好好受用了。可是，这事我做不来，我宁可乞食街头，也不愿把良心和人格出卖！”
“先生，您别说了！这都是我的不好，害了先生。您是文人中最为可敬之人，为此我敬重您！您是我的好老师，先生，我不配做您的妻子，可是作为您忠实的学生，您该不会嫌弃我吧！先生，我不愿你丧失气节，出卖灵魂，我明早走，决不连累先生！”
王闿运听着更加伤感，对她更不忍轻分，但为了不为曾的权势所诱，不为其利迷心，只好忍痛与之割舍。他们彼此抱头痛哭……
王闿运乘夜秘密离开了南京，去到上海。
临行前，留了一书给曾国藩，表示他决不作御用文人，为他涂脂抹粉。并写了一首诗留给花燕芳，以示诀绝，诗云：
不堪回首去年冬，
一笑梅花记偶逢。
信有仙娥飞月下。
不期心底竟留踪。
石沉弱水三千尺，
恨杀蓬山数万重。
慧剑情缘今已矣，
灵犀一点喜相通。
花燕芳也回了一首诗：
轻阴漠漠雨朦朦，
惯送闲愁似梦中。
几度芳园歌窃窕，
一弯流水响玲珑。
由来冶艳君怜我，
审识繁华色是空。
岂为荣衰有离合，
玉肌冰骨怨春风。
王闿运离曾之后，仍依史实，写下了《湘军志》。近代大名士杨度，当代大画家齐白石都是王闿运的学生。